2022年12月11日，肿瘤研究所召开2022年终总结会议（学术年会），各课题组负责人及科研人员等80余人参加会议。本次会议由肿瘤研究所特聘研究员孙坤和特聘研究员卢长征主持，主要围绕科研团队学术进展汇报及下年度团队工作计划等内容展开。
会议伊始，肿瘤研究所副所长、资深研究员申雪桐对各课题组负责人和科研人员的参会表示欢迎。肿瘤研究所自成立以来，已在Cell、Nature Cancer 等权威杂志发表多篇高水平期刊论文，获批国家级及省级项目14项，并成功举办肿瘤研究所学术研讨会（ICR Symposium），这些成绩是各位同事共同努力的结果，希望通过本次会议加强各课题组之间的学术交流，推动共建国际前沿的肿瘤研究中心。
随后，肿瘤研究所12个课题组分别介绍了本年工作及实验室建设进展情况。
副研究员张维敏代表詹启敏-崔永萍课题组汇报了课题组在2022年度取得的总体工作进展，并作学术报告。在2022年度，课题组在食管鳞癌的分子变异基础、分子分型及转化研究等方面取得了系列的进展，与合作者共同描绘了食管鳞癌的结构变异图谱，建立了中国食管鳞癌的分子分型体系，提出潜在的靶向治疗策略。相关研究成果发表在Cancer Cell, Nature Communications, Cellular & Molecular Immunology, Theranostics 等期刊上。团队申获国自然青年基金项目2项，1名博士后入选中国博士后创新人才支持计划。会上，张维敏副研究员还报告了课题组在肿瘤异质性和细胞周期偶联RNA转录终止等方面的研究进展。
副研究员邹永康代表吴虹课题组介绍了利用小鼠原位去势抵抗性前列腺癌（CRPC）模型进行单细胞水平生态系统解析，有助于解析肿瘤演变过程中的早期发生事件，及微环境重塑、适应机制。通过多组学分析，课题组发现上皮细胞和成纤维细胞相互作用及功能变化，对于CRPC的恶性演化及药物抵抗具有重要作用。同时在单细胞水平基于功能活性对免疫细胞进行聚类分析，发现了免疫活化细胞或者免疫抑制细胞被微环境重塑而适应肿瘤生长的现象。最后，课题组发现了调控肿瘤生态系统的关键因子及其在CRPC中诱导产生的分子机制，有助于将肿瘤微环境系统重塑应用于临床治疗。
助理研究员陈敏敏代表张泽民课题组介绍了课题组近两年的研究成果，包括：1）人类泛组织、疾病类型的成纤维细胞图谱 ，其中重点介绍了两个成纤维细胞亚群的特点、发育路径及与免疫细胞的互作；2 ）SPP1+ TAM 在肿瘤发生及进展中的功能及其潜在作用机制；3 ）多组学联合揭示胰腺癌神经浸润的机制。最后提出了对未来工作的展望。
资深研究员申雪桐介绍了过去一年在构建肌动蛋白两个新领域上取得的进展， 对多个肌动蛋白密码进行了进一步解析；并联合了深圳湾实验室多个团队，建立了染色质新领域攻关项目，从多学科多尺度对染色质基础理论进行创新研究。此外，课题组还开始了在转化方面的探索，力争创建染色质重塑抑制剂这一全新大类的原创药物，并已经筛选到一些小分子候选物。
资深研究员雷晓光主要介绍了新一代PROTAC的开发，包括鉴定新颖的E3连接酶小分子配体和克服耐药性疾病药物的研发。一方面通过基于活性的蛋白质组学分析来发现与E3连接酶共价结合小分子，另一方面给通过细胞热转变分析鉴定与E3连接酶共价/非共价结合的小分子，并成功寻找到数种与E3连接酶结合的小分子。同时，课题组通过理性设计并合成了二十多个PROTAC分子，其中有三个分子可以高效抑制恩杂鲁胺耐药的转移性去势抵抗性前列腺癌细胞的增殖。
特聘研究员卢长征简单介绍了课题组的主要研究方向，包括：1）癌细胞内在信号通路尤其是基因组不稳定性对肿瘤免疫微环境的影响；2）免疫细胞的膜蛋白对肿瘤浸润T细胞功能的影响；3）肿瘤疫苗的研发。随后，详细介绍了anti-DR5抗体在抗肿瘤临床试验上的进展以及未解决的问题，课题组利用小鼠肿瘤模型所取的新发现及其对解决临床问题带来的启发。
特聘研究员孙坤介绍了课题组在 2022 年完成的多个项目。他们升级了先前开发的DNA甲基化测序数据分析软件（Msuite2），实现了30%的性能提升，该工作发表在生物信息学领域知名期刊上。通过多维度数据整合，他们证明了 DNA 甲基化在游离DNA片段化模式中的调控作用，并提出了游离 DNA 长度分布规律的生物学解释；更重要的是，他们开发出一种新的泛癌种癌症诊断标志物，并表明该标志物可以与现有的标志物联合使用以提高准确性。相关工作已经被国际知名期刊接收，将于近期发表。
Andrew Lee introduced a new non viral gene therapy platform using extracellular vesicles to deliver therapeutic mRNA in vivo. This platform is the world's first re-dosable non-viral gene therapy platform, and has completed pre-clinical safety and efficacy testing. In December 2022, this platform received IRB approval for first in human clinical trial in 2023.
特聘研究员尹成骞介绍了近期的主要研究，课题组在肿瘤代谢和新型细胞死亡方式，特别是从细胞铁死亡的角度深入挖掘可能影响肿瘤细胞生长的关键靶点，并期望以此为基础开发相关的靶向治疗方法。
Justin L.Tan reported on his current lab composition, comprising one lab manager, one associate researcher, three postdoctoral fellows, three PhD students, two MSc students, and two research assistants. Justin's lab is interested in eliciting the mechanisms by which oncogenic lineage factor SOX2 promotes small cell lung cancer (SCLC). Justin updated institute members on the progress of five projects. The first involves high-throughput screening to identify small molecules targeting SOX2- dependencies in SCLC. The second involves co-immunoprecipitation mass spectrometry, where 20 unique SOX2 binding partners were identified. The third and fourth projects involve the development of novel high-throughput methods to identify intracellular protein-small molecule binding and gene expression alterations, when chemical libraries are applied to live cells. These methods will be used to identify intracellular SOX2 binders and compounds that alter SOX2 mRNA regulation. The final project is a collaboration that involves the development of a unique platform to capture tumor heterogeneity by efficiently generating stable primary cell lines from individual patient tumors. The goal in the upcoming year is to publish work from some of these projects and apply for patents where appropriate.
特聘研究员张雷介绍了课题组近一年来的团队组建、基金申请和研究进展等情况，特别是课题组通过单细胞水平组学技术对肿瘤免疫治疗副反应和炎症性肠病进行了深入的机理研究，为进一步开发和优化新的治疗策略提供可能。
特聘研究员于晨介绍了团队建设和科研进展。团队建设方面，课题组组建顺利，并计划在深圳湾实验室同舟学者项目的支持下，继续加大人员引进力度。科研进展方面，介绍了以CRISPR为工具，开发新型智能细胞疗法方面的进展。其中利用CRISPRa筛选，发现全新干细胞维持因子方向的工作已经进入收尾阶段，正在积极准备投稿。
本次肿瘤研究所学术年会旨在认真回顾2022年取得的各项科研进展，促进各研究团队积极开展学术交流，共同推动肿瘤研究所迈入新的发展阶段。
撰稿 | 陈 铭
编辑 | 鲍 啦
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