科学研究

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尹延东

汇天下英才 建世界舞台

尹延东

Yandong YIN

化学生物学研究所

特聘研究员

Yandong.Yin@nyulangone.org

Timeline

  • 2021至今

    深圳湾实验室         特聘研究员

  • 2018-2021

    纽约大学医学院         研究员

  • 2014-2018

    纽约大学医学院         博士后

  • 2013-2014

    北京大学         科研助理

  • 2008-2013

    北京大学         博士

  • 2004-2008

    北京大学         学士









研究领域


尹延东课题组主要从事超分辨显微成像技术、高内涵图像挖掘技术、以及胞内生物单分子示踪技术的开发。课题组着力于通过融合光学成像、数据挖掘及数值优化、以及化学生物学的技术进步来探究生物大分子单分子水平下动态学过程的物理本质。






成果


. 高内涵复杂图像分析技术的发展

多色超分辨显微成像技术的诞生使得观测细胞内原位观测分子复合体结构及其空间分布成为可能。然而,超分辨图像定量解析技术的滞后极大得阻碍了超分辨成像技术的广泛应用。针对这一问题,尹延东先后发展了随机共定位模拟(Stochastic Co-localization Modeling)、三阶相关函数(Triple-Correlation Function, TCF)等统计分析技术,实现在复杂胞内环境中评估分子间结合强度及复合体的组装构造的定量统计描述。随后,尹延东又对三阶相关函数进行了理论延申,并发展了快速高阶相关函数计算方法,实现高通量超分辨图像的定量解析。


结合多色超分辨显微成像与上述定量分析方法,尹延东先后探究了1) ATR通过控制FANCI蛋白磷酸化来实现对DNA复制的调控机制 (Mol. Cell, 2015, 共同第一作者,Faculty of 1000推荐文章)2) DNA 复制受抑时的单个复制叉相应机制 (Nat. Commun., 2019, 第一作者,共同通讯作者)


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高内涵复杂超分辨图像挖掘


(A) 多色超分辨显微成像技术提供多通道纳米级空间分布信息。

(B) 基于三阶相关函数方法的图像信息挖掘 (i) 三阶相关函数描述三种待测分子相对位置的概率分布; (ii) 提取最概然分布的分子复合体结构; (iii) 对实际分子复合体组成的定量解析。


. 扩散受限的荧光相关光谱技术的发展

荧光相关光谱是一种在热力学平衡状态下测量化学反应速率、分子构象变化动态过程的单分子技术。然而,受分子本身布朗运动的影响,荧光相关光谱可探测的动力学时间窗口局限于10 ns - 50 µs,极大地限制了FCS的潜在应用范围。针对这一问题,尹延东先后发展了降速扩散荧光相关光谱 (diffusion-decelerated FCS, ddFCS)、单分子扫描荧光相关光谱(single-molecule FCS, smFCS) 等新型相关光谱技术,实现在热力学平衡态下,同时测定ns – 0.1s级别的分子反应动力学。利用上述方法,尹延东探究了DNA发卡分子折叠动力学全貌 (Chem. Commun., 2012, 第一作者) 以及首次表征了DNA双螺旋结构中单个错配碱基自由翻转的热动力学特征 (PNAS, 2014, 第一作者)






荣誉


• 2013 北京大学优秀博士毕业论文

• 2012 研究生国家奖学金

• 2012 塞拉尼斯奖学金






招聘信息


1. 研究助理

2. 博士后






代表论


1. Ultrafast Data Mining of Molecular Assemblies in Multiplexed High-Density Super-Resolution Images Y Yin, WTC Lee, E Rothenberg, Nat. Commun. 2019, 10, 119

2. Functional transcription promoters at DNA double-strand breaks mediate RNA-driven phase separation of damage-response factors F Pessina, F Giavazzi, Y Yin, …, E Rothenberg, F d’Adda di Fagagna, Nat. Cell. Biol. 2019, 21, 1286-1299

3. ATR-mediated phosphorylation of FANCI regulates dormant origin firing in response to replication stress YH Chen*, MJK Jones*, Y Yin*, SB Crist, L Colnaghi, RJ Sims, E Rothenberg, PV Jallepalli, TT Huang, Mol. Cell 2015, 58, 323-338

4. Dynamics of spontaneous flipping of a mismatched base in DNA duplex Y Yin*, L Yang*, G Zheng, C Gu, C Yi, C He, Y Gao, XS Zhao, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 8043-8048

5. Amplitude of Relaxations in Fluorescence Correlation Spectroscopy for Fluorophores that Diffuse Together Y Yin, R Yuan, XS Zhao, J. Phys. Chem. Lett. 2013, 4, 304-309.