2024年12月25日圣诞节，我照例给Martin夫妇写了一封电子邮件，祝他们节日快乐。12月29日夜里却收到Karplus太太的电子邮件，告诉我们一个不幸的消息：Martin于28日平静地离世。我和我太太袁汇都感到无比的震惊和悲伤。

2023年9月我去美国访问时顺便拜访了他们，当时Martin提到他还在做科研，带一名博士后，并有一笔比尔及梅琳达·盖茨基金会的基金，用于研究广谱流感疫苗。那次见面的感觉是：93岁的他思维依然敏锐，好像跟我在他那里做博士后的时候没有什么不同。也就是那次访问使我知道他出版了一本自传《天花板上的菠菜》（Spinach on the Ceiling: A Theoretical Chemist’s Return to Biology）。他在书里提到，“我的杰出博士后之一，周耀旗，尽管有了几篇相当不错的论文发表，还是很难找到教职工作” ，让全世界人民都知道了我当时找工作难的事情。我的大女儿不仅帮我在美国买了这本书，而且从纽约去波士顿Martin家，请他在自传书上为我签名。2024年4月太太袁汇去看望女儿期间，去 Martin家拜访，他跟袁汇讲，手提电脑总是在身边，他继续做科研，甚至就疫苗的知识还给她做了个科普。Martin在科研路上永不停步的精神一直鼓励着我努力前行。

2025年夏天我应邀将去参加纽约大学主办的一个AI计算化学会议，正计划着顺道拐到波士顿去拜访他，万万没想到，已经再也无法实现了。2023年那一面，竟是我和Martin的最后一面。

1995年7月到2000年6月，我在Martin实验室做了整整五年的博士后，而后三年一直在积极寻找学术界的工作，其中的艰辛依然历历在目，无法忘怀。正如Martin书中所说，也被他看在眼里，记在心里。要不是1999年我们发在Nature杂志上的那篇关于“解释螺旋蛋白质折叠动力学”的文章，说不定我当年就放弃学术生涯，重新回工业界工作了，也就没有今天继续在学术事业上耕耘的我。Martin从多个方面影响、改变了我的一生，这些影响在我写过的多篇文章中得到体现。

例如2007年我在印地安纳大学任教时，为了庆祝母校中国科学技术大学50周年校庆所写的、在国内广受欢迎的中文版本《写好英语科技论文的诀窍: 主动迎合读者期望，预先回答专家可能质疑》。文中提到的“预先回答专家可能质疑”，就是指Martin对我和他所合写的论文精益求精到“吹毛求疵”、严格自审的深切体会。而在2024年，由上海科学技术出版社帮助我出版的《出发：不断走出舒适区的科研生活之旅》这本书中，关于哈佛经历的那一章总结了我在Martin那里所学到的：科研不仅仅要登高望远，看到大格局，更要尽善尽 美，注重细节。至于怎样讲好科研故事、扩大影响力，我还在不断学习中。

Martin和他太太对我们一家也十分关怀。1997年我太太袁汇在美国纽约硕士毕业后开始找工作，他太太主动提出写推荐信，使袁汇得到了在哈佛出版社的第一份工作。当他们长期不在波士顿的时候，也邀请我们住进他们在哈佛校园里的房子，理由是让我们帮着看家。住在他家的日子里，让我体会到Martin不仅仅是一位伟大科学家，也是一名独具眼光的摄影家、更是一个圈内众所周知的品酒师、美食家。他的家里甚至有个书橱全是各国菜谱。他特别喜欢吃中国的皮蛋，认为very aromatic（非常芳香）。平时，他是家庭主厨，我们曾有幸被他请到家里作客，吃他亲自烧的饭菜，的确不凡。2023年的圣诞节，93岁的他还掌勺为家人做了圣诞大餐。Martin真是科研和生活双平衡的典范，他永远是我学习的榜样。

尽管Martin已经离开了我们，但他在核磁共振教科书里面的Karplus（卡普拉斯）公式，以及研究蛋白质动力学，QM/MM的CHARMM软件等将会继续影响着整个计算生物学领域。更重要的是，他培养的两百多名学生和博士后遍布了全球各地的大学和工业界，继续传承他的科学精神。除了我以外，中国出国留学的同学在Martin 那里作为学生或者博士后而受益匪浅的Karplusians有多人。我熟悉的挚友，按在Karplus组的时间顺序，包括现任明尼苏达大学的高加力教授，田纳西大学的郭鸿教授，复旦大学的马剑鹏教授，波士顿大学的崔强教授，北京大学的高毅勤教授，佛罗里达州立大学的杨威教授，以及印第安纳大学的濮憬智教授等。他们在计算生物学方面都独树一帜，继续传递着Karplus的科学精神，走出了属于自己的独特道路。我和郭鸿、马剑鹏、崔强等四个人同期在组里做博士后，这可能是Karplus组有最多中国留学生的时候。

Martin，请安息，您的精神永远与我们同在！

附我写过的、受到Karplus影响的博客，有的收集在2024年出版的《出发：不断走出舒适区的科研生活之旅》书中：

1. 菠菜、天花板与诺贝尔奖：Karplus教授的科学传奇 （2024.2.1）

2. 美国找教职的那些日子（2015.8.30）

3. Martin Karplus得奖有感 （2013.10.22）

4. 身边那些鸟事 （2012.4.8）

5. 融金发展，流动成才（2011.9.5）

6. 既不牛也不帅，但很温柔( 2011.9.4) 

7. 胜在细节（2011.4.16）

8. 不煮饭，何以主天下（2010.10.28）

9. 人生是持久战，科研更是持久战

10. 从申请到获得美国第一笔科研经费的历程（2010.10.14）

11. 为什么我不再关心诺贝尔奖？（2010.10.7）

2023年9月我到波士顿Martin家中拜访并与他合影

2024年4月，我太太袁汇在Martin家与他们夫妇俩合影。

2023年底，Martin在他的自传书上给我的签名：铭记我们的合作，并对你未来的工作致以最美好的祝愿。

1997年，Martin和Marci夫妇来到我们租住的公寓做客。当时，桌上摆着皮蛋。Martin夸我太太袁汇做的菜比我做得更好，而Marci说袁汇的英语说得比我标准。（袁汇正在拍照。）

周耀旗

资深研究员

周耀旗教授是深圳湾实验室资深研究员和系统与物理生物学研究所副所长，也是靶向RNA小分子药的公司-砺博生物的科学创始人，畅销书《出发：不断走出舒适区的科研生活之旅》的作者。在此之前，他是中国科技大学的学士，美国纽约石溪大学的博士，北卡州立大学、哈佛大学的博士后，布法罗大学助理教授、副教授，印第安纳大学正教授，澳大利亚格里菲斯大学教授，2021年全职加入深圳湾实验室。周耀旗博士在结构生物信息学及其在分子生物学应用的交叉领域多次作出独特、原创性贡献。特别是他课题组通过二面角预测构建蛋白质结构的无结构碎片蛋白质结构预测方法SPINE-XI为基于角度和距离预测的AlphaFold以及端到端蛋白质结构预测方法RGN,NEMO和AlphaFold2都打下了基础。此外，他们发展的SPIN和SPIN2开创了利用人工智能进行蛋白质设计的方向。回国后获得了中国科技部、基金委以及广东省科技厅等多个重大项目的资助。发表论文260多篇，谷歌学者总引用1万8千多次，H-index 73。他的科研成果的原创力和影响力获得了世界专家同行的肯定，入选了全球前2%顶尖科学家“终身科学影响力排行榜”和“年度科学影响力排行榜”，“中国高被引学者（生物学）榜”等。2024年成为国际著名杂志Nucleic Acids Research 的唯一中国编辑。