尹延东-深圳湾实验室

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尹延东博士/

所/中心

化学生物学研究所

电子邮箱

yinyd(at)szbl.ac.cn

研究方向

化学生物学，生物物理化学，超分辨成像技术

Timeline

研究领域

研究成果

荣誉奖励

媒体报道

招聘信息

代表论文

Timeline

2021至今

深圳湾实验室

特聘研究员

2018-2021

纽约大学医学院

研究员

2014-2018

纽约大学医学院

博士后

2013-2014

北京大学

科研助理

2008-2013

北京大学

博士

2004-2008

北京大学

学士

研究领域

尹延东课题组主要从事超分辨显微成像技术、图像深度挖掘技术、以及胞内生物单分子示踪技术的开发。课题组着力于通过融合光学成像、数据挖掘及数值优化、以及化学生物学的技术进步来探究生物大分子单分子水平下动态学过程的物理本质。

研究成果

一. 高内涵复杂图像分析技术的发展

多色超分辨显微成像技术的诞生使得观测细胞内原位观测分子复合体结构及其空间分布成为可能。然而，超分辨图像定量解析技术的滞后极大得阻碍了超分辨成像技术的广泛应用。针对这一问题，尹延东先后发展了随机共定位模拟(Stochastic Co-localization Modeling)、三阶相关函数(Triple-Correlation Function, TCF)等统计分析技术，实现在复杂胞内环境中评估分子间结合强度及复合体的组装构造的定量统计描述。随后，尹延东又对三阶相关函数进行了理论延申，并发展了快速高阶相关函数计算方法，实现高通量超分辨图像的定量解析 (Nat. Commun., 2019)。

结合多色超分辨显微成像与上述定量分析方法，尹延东先后探究了1) ATR通过控制FANCI蛋白磷酸化来实现对DNA复制的调控机制 (Mol. Cell, 2015)；2) ATR对单个DNA复制叉的实时监控与受抑响应的物理关联 (Mol. Cell,2021)。

二.扩散受限的荧光相关光谱技术的发展

荧光相关光谱是一种在热力学平衡状态下测量化学反应速率、分子构象变化动态过程的单分子技术。然而，受分子本身布朗运动的影响，荧光相关光谱可探测的动力学时间窗口局限于10 ns - 50 µs，极大地限制了FCS的潜在应用范围。针对这一问题，尹延东先后发展了降速扩散荧光相关光谱 (diffusion-decelerated FCS, ddFCS)、单分子扫描荧光相关光谱(single-molecule FCS, smFCS) 等新型相关光谱技术，实现在热力学平衡态下，同时测定ns – 0.1s级别的分子反应动力学。利用上述方法，尹延东探究了DNA发卡分子折叠动力学全貌 (Chem. Commun.,2012) 以及首次表征了DNA双螺旋结构中单个错配碱基自由翻转的热动力学特征 (PNAS, 2014)。

图片1.png

高内涵复杂超分辨图像挖掘

(A) 多色超分辨显微成像技术提供多通道纳米级空间分布信息。(B) 基于三阶相关函数方法的图像信息挖掘 (i) 三阶相关函数描述三种待测分子相对位置的概率分布； (ii) 提取最概然分布的分子复合体结构； (iii) 对实际分子复合体组成的定量解析。

荣誉奖励

2013 北京大学优秀博士毕业论文

2012 研究生国家奖学金

2012 塞拉尼斯奖学金

媒体报道

人物 | 尹延东：还原细胞世界真实影像——为分子拍照的“摄影师”

2022.05.24

了解详情

招聘信息

代表论文

1.Y Yin#, WTC Lee, D Gupta, …, E Rothenberg#, A basal-level activity of ATR links replication fork surveillance and stress response,Mol. Cell2021, 81, 4343-4257 (#corresponding author).

2. WTC Lee,Y Yin, M Morton, …, E Rothenberg, Single-molecule imaging reveals replication fork coupled formation of G-quadruplex structures hinders local replication stress signaling,Nat. Commun.2021, 12, 1-14.

3.Y Yin#, WTC Lee, E Rothenberg#, Ultrafast data mining of molecular assemblies in multiplexed high-density super-resolution images,Nat. Commun.2019, 10, 119 (#corresponding author).

4. YH Chen*, MJK Jones*,Y Yin*, SB Crist, …, TT Huang, ATR-mediated phosphorylation of FANCI regulates dormant origin firing in response to replication stress,Mol. Cell2015, 58, 323-338 (*co-first author).

5.Y Yin*, L Yang*, G Zheng, C Gu, C Yi, C He, Y Gao, XS Zhao, Dynamics of spontaneous flipping of a mismatched base in DNA duplex,Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2014, 111, 8043-8048 (*co-first author)

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