深圳湾实验室化学生物学研究所与北京大学化学与分子工程学院合作，在Journal of the American Chemical Society发表了题为“Conditionally Activatable Chimeras for Tumor-Specific Membrane Protein Degradation”的研究论文。研究团队开发了一种新的“肿瘤原位激活靶向膜蛋白降解嵌合体”（Pro-MPD），该技术仅在肿瘤微环境内蛋白酶激活穿膜肽后，才会引发靶蛋白的内化和降解。

2024年11月26日，深圳湾实验室传染病研究所团队与天津医科大学/天津大学郑斌教授团队合作在Nature Materials 杂志发表了题为Inhalable nanocatalytic therapeutics for viral pneumonia的研究论文。合作团队开发了一种可降解且生物相容性好的铈基单宁酸（CeTA）纳米酶，并将其与一种自组装肽结合，创建了一种鼻腔吸入制剂（CeTA-GGGKLVFF-tk-PEG，简称 CeTA-K1tkP），用于治疗病毒性肺炎。

2024年11月15日，深圳湾实验室彭琴课题组在Science Advances在线发表了题为Decoding the Interplay between m6A Modification and Stress Granule Stability by Live Cell Imaging 的研究论文。该研究团队基于荧光共振能量转移（FRET）技术，设计并开发了一款用于特异性检测mRNA m6A修饰的传感器（spatiotemporal m6A imaging system, SMIS），实现了m6A修饰的mRNA在活细胞中的动态可视化。借助SMIS系统，作者观察到了m6A修饰的mRNA在应激颗粒中的富集过程，并揭示了其在应激颗粒解聚时逐步释放至胞质的动态机制。此外，团队发现，敲低YTHDF2蛋白会加速应激颗粒的解聚，进而导致富集于颗粒中的m6A修饰的mRNA迅速释放并恢复翻译。

2024年11月12日，程功教授团队与合作者在《柳叶刀》旗下子刊eBioMedicine 杂志发表了题为A substitution at the cytoplasmic tail of the spike protein enhances SARS-CoV-2 infectivity and immunogenicity（刺突蛋白胞质尾区的替换增强新冠病毒的感染性和免疫原性）的研究论文。该研究通过筛查新冠病毒奥密克戎变异株刺突蛋白（Spike）中的高频突变位点，发现Spike蛋白胞质尾区第1263位脯氨酸（P）到亮氨酸（L）的氨基酸变异可以促进更多Spike蛋白的包装，从而提高病毒的感染效率。此外，这一变异显著提升了新冠病毒样颗粒（VLP）mRNA疫苗的免疫原性和保护效果。该发现不仅揭示了新冠病毒传播力增强的机制，还为冠状病毒疫苗的优化提供了重要理论基础。